Одитиращият орган ОО (Дирекция "Одит на средствата от ЕС" към Министерство на Финансите) има следните отговорности съгласно чл. 62 на Регламент (EС) № 1083/2006: 

• Извършва одити за проверка на ефективното функциониране на системата за управление и контрол на оперативната програма;

• Извършва одити по операциите на базата на извадковия принцип за проверка на направените разходи.

• Представя на Комисията в срок от девет месеца след одобряването на Оперативната програма одитна стратегия, която покрива органите, методите, които ще се прилагат,извадковия принцип за одитите на операциите и индикативното планиране на одитите, което да гарантира че основните органи за одитиране и одитът се разпростира равномерното през програмния период;

• Представя на Комисията годишен доклад за извършения контрол, в който са посочени резултатите от одитите, извършени през изминалия 12 месечен период, завършващ на 30 юни от съответната година в съответствие със стратегията за одит на оперативната програма, както и евентуалните недостатъци, установени в системите за управление и контрол на програмата;

• Издаване на  становище въз основа на проверките и одитите, които са били извършени под негова отговорност, относно това дали системата за управление е работила ефективно, за да гарантира в разумна степен верността на отчетите за разходите, представени на Комисията и като следствие от това, разумна гаранция, че основните транзакции са законосъобразни и редовни;

• Представя на Комисията декларация за приключване най-късно до 31 март 2017 г., в която се преценява валидността на заявлението за плащане на окончателното салдо на основните транзакции, обхванати от окончателния отчет за разходите, който се подкрепя от окончателния доклад за контрола;
           
Одитиращият орган прилага методика по отношение на проверките по чл. 62(a) и (б) на Регламент (EС) № 1083/2006, която на базата на периодични доклади представя на Сертифициращия орган разумни доказателства че искането и процесите на сертификацията функционират правилно.

 Съгласно чл. 71 на Регламент 1083/2006 Одитиращият орган отговаря за извършване на оценка за съответствие на системите, въведени по оперативната програма.